1
TÍTULO: Leveraging Large Language Models on Assay Descriptions to Improve the Prediction of Inhibitors for Mycobacterium Tuberculosis
AUTORES: Alves, Nuno; Osorio, Nuno S.; Pereira, Vitor; Rocha, Miguel ;
PUBLICAÇÃO: 2026, FONTE: 18th International Work-Conference on Advances in Computational Intelligence-IWANN in ADVANCES IN COMPUTATIONAL INTELLIGENCE, IWANN 2025, PT I, VOLUME: 16008
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2
TÍTULO: Cellular and biochemical alterations induced by diesel oil in the brown alga Sargassum cymosum var. stenophyllum cultured in vitro  Full Text
AUTORES: Eva Regina Oliveira; Fernanda Ramlov; Éder Carlos Schmidt; Débora Tomazi; Claudia Marlene Bauer; Fernanda Pilatti; Rodolfo Moresco; Giulia Burle Costa; Sara Cardoso; Zenilda Laurita Bouzon; Paulo Antunes Horta; Miguel Rocha ; Marcelo Maraschin;
PUBLICAÇÃO: 2025, FONTE: Chemosphere, VOLUME: 372
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3
TÍTULO: Comparative Assessment of Protein Large Language Models for Enzyme Commission Number Prediction  Full Text
AUTORES: Capela, Joao; Zimmermann Kogadeeva, Maria; van Dijk, Aalt D. J.; de Ridder, Dick; Dias, Oscar ; Rocha, Miguel ;
PUBLICAÇÃO: 2025, FONTE: BMC BIOINFORMATICS, VOLUME: 26, NÚMERO: 1
INDEXADO EM: Scopus WOS CrossRef: 2
4
TÍTULO: Evolutionary Algorithms for Metabolic Transformation through Multi-gene Knockout Optimization
AUTORES: Sa, Bruno; Oliveira, Alexandre; Rocha, Miguel ;
PUBLICAÇÃO: 2025, FONTE: 2025 Genetic and Evolutionary Computation Conference Companion-GECCO in PROCEEDINGS OF THE 2025 GENETIC AND EVOLUTIONARY COMPUTATION CONFERENCE, GECCO 2025
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5
TÍTULO: Machine and deep learning to predict viral fusion peptides
AUTORES: Sequeira, A. M.; Rocha, M. ; Lousa, Diana;
PUBLICAÇÃO: 2025, FONTE: COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL, VOLUME: 27
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6
TÍTULO: Predicting precursors of plant specialized metabolites using DeepMol automated machine learning
AUTORES: Capela, Joao; Cheixo, Joao; de Ridder, Dick; Dias, Oscar ; Rocha, Miguel ;
PUBLICAÇÃO: 2025, FONTE: JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOINFORMATICS, VOLUME: 22, NÚMERO: 2
INDEXADO EM: Scopus WOS CrossRef: 2
7
TÍTULO: TROPPO: tissue-specific reconstruction and phenotype prediction using omics data
AUTORES: Oliveira, Alexandre; Ferreira, Jorge; Vieira, Vitor; Sa, Bruno; Rocha, Miguel ;
PUBLICAÇÃO: 2025, FONTE: BIOINFORMATICS ADVANCES, VOLUME: 5, NÚMERO: 1
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8
TÍTULO: A diel multi-tissue genome-scale metabolic model of Vitis vinifera  Full Text
AUTORES: Sampaio, Marta; Rocha, Miguel ; Dias, Oscar;
PUBLICAÇÃO: 2024, FONTE: PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, VOLUME: 20, NÚMERO: 10
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9
TÍTULO: A diel multi-tissue genome-scale metabolic model of Vitis vinifera  Full Text
AUTORES: Marta Sampaio; Miguel Rocha ; Oscar Dias ;
PUBLICAÇÃO: 2024, FONTE: PLOS Computational Biology, VOLUME: 20, NÚMERO: 10
INDEXADO EM: CrossRef: 2
10
TÍTULO: BioISO: An Objective-Oriented Application for Assisting the Curation of Genome-Scale Metabolic Models
AUTORES: Fernando Cruz; Joao Capela; Eugenio Campos Ferreira ; Miguel Rocha ; Oscar Dias ;
PUBLICAÇÃO: 2024, FONTE: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, VOLUME: 21, NÚMERO: 2
INDEXADO EM: Scopus CrossRef: 1
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